ในสมัยรัชกาลที่ 5 มีการเปลี่ยนแปลงเมืองจันทบุรีให้เป็นเมืองหลวงของจังหวัดจันทบุรี ซึ่งเป็นที่ตั้งของสำนักงานจังหวัดและที่พักอาศัยของผู้บริหารจังหวัด จนกระทั่งปัจจุบัน จังหวัดจันทบุรีเป็นจังหวัดที่มีความเจริญงอกงามและมีความสำคัญทางเศรษฐกิจ การท่องเที่ยว และวัฒนธรรมอย่างมากมาย จังหวัดจันทบุรีเป็นหนึ่งในจังหวัดที่มีประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมที่หลากหลายและเป็นที่รู้จักกันดีในประเทศไทย มีประวัติศาสตร์การตั้งเมืองยาวนาน โดยมีเหตุการณ์สำคัญดังนี้

ในยุคกรุงศรีอยุธยา มีการก่อตั้งเมืองจันทบุรีขึ้นโดยมีชื่อว่า "มะลิประเทศ" โดยตั้งอยู่บริเวณสามแยกตรงข้ามกับวัดโบสถ์ จันทบุรีในช่วงนั้นเป็นศูนย์กลางการค้าของภาคตะวันออกเฉียงเหนือ มีการซื้อขายแลกเปลี่ยนสินค้าระหว่างชาวไทยกับชาวต่างชาติเป็นอย่างมาก