ในอดีต มุกดาหารเป็นที่ตั้งของกษัตริย์หลวงศรีธาดาของอาณาจักรล้านนา และตลอดช่วงเวลากว่า 700 ปีที่ผ่านมา เมืองมุกดาหารเป็นศูนย์กลางการค้าสำคัญของภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ซึ่งมีการแลกเปลี่ยนสินค้ากับประเทศลาว และภูมิภาคต่างๆของไทย

ในปี พ.ศ. 2360 กรมที่ดินได้สร้างกำแพงคอกคลองคู่ขนานและถนนขนานกำแพงเพื่อป้องกันการลากลั่นเข้ามาในเมืองมุกดาหาร และในปี พ.ศ. 2402 เมืองมุกดาหารได้รับการยกฐานะเป็นเมืองเทศบาลโดยมีที่ว่าการเป็นคุณสุวรรณ ศรีกุล ซึ่งในปัจจุบันได้เปลี่ยนเป็นนายกเทศมนตรีจังหวัดมุกดาหาร จังหวัดมุกดาหารตั้งอยู่ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทย มีพื้นที่ประมาณ 4,285 ตารางกิโลเมตร และมีประชากรประมาณ 300,000 คน ซึ่งเป็นจังหวัดที่มีความเป็นอนุมัติจากพระมหากษัตริย์ในปี พ.ศ. 2309 และเป็นตำแหน่งการปกครองท้องถิ่นตั้งแต่สมัยก่อนการรวมตัวเป็นประเทศไทย จังหวัดมุกดาหารเดิมคือที่ตั้งของอำเภอมุกดาและอำเภอกุดข้าวปุ้น และเปลี่ยนชื่อเป็น “มุกดาหาร” ในปี พ.ศ. 2477